Mengenal Covid-19 dalam Pandangan Mikrobiologi

Oleh : Fadillah Khairani

ABSTRAK 

Mikrobiologi merupakan ilmu yang mempelajari tentang mikroba seperti bakteri, alga dan juga virus. Virus corona (Covid-19) merupakan jenis virus yang bernmutasi dari famili coronavirus. Virus ini muncul pertama kali di kota Wuhan, China yang di duga berasal dari kelelawar dikarenakan memiliki genetik yang sama. Virus ini dapat menyebar melalui kontak antara manusia dengan manusia. Studi ini dilakukan dengan kajian literatur tehnik pengumpulan data yang dipakai melalui studi kepustakaan , pengumpulan data-data sekunder dari beberapa sumber jurnal. Artikel ini membahas lebih spesifik terkait virus corona dalam pandangan ilmu sain yaitu mikrobiologi.

 

Kata kunci: Mikrobiologi, mutasi, Covid-19

 

I. PENDAHULUAN

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari tentang mikroba, jasad renik. Mikrobiologi sering disebut ilmu praktek dari biokimia. Dalam mikrobiologi diberikan pengertian dasar tentang sejarah penemuan mikroba, macam-macam mikroba di alam. Struktur mikroba dan fungsinya, metabolisme mikroba secara umum, pertumbuhan mikroba dan faktor lingkungan, mikrobiologi terapan di bidang pertanian dan lingkungan. Seiring berkembangnya Ilmu pengetahuan bidang kajian mikrobiologi terus mengikuti perkembangan menjadi berbagai macam pembahasan ilmu mulai dari bakteriologi, virologi, mikologi, dan lain sebagainya.[1]

Virus Corona (Covid-19) adalah penyakit yang disebabkan oleh severa acute respiratory syndrome corona virus biasa disebut SARS-COV-2. Virus ini merupakan jenis virus baru dari keluarga corona virus yang dapat menyebabkan berbagai penyakit pada sistem pernapasan mulai dari gejala ringan hingga berat. Untuk pertama kalinya China melaporkan adanya penyakit baru ini pada tanggal 31 Desember 2019. Pada penghujung tahun 2019 kantor Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) di China mendapatkan pemberitahuan tentang adanya jenis pneumonia yang penyebabnya tidak diketahui, infeksi paru-paru akit yang terdeteksi pertama kali di kota Wuhan, Provinsi Hubai, China. Peningkatan jumlah Covid-19 berlangsung signifikan dinegara lain. Sejak 1 maret 2020, WHO telah menetapkan Covid-19 sebagai pandemi.

Covid-19 dapat menular melalui kontak dengan benda yang tersentuh tidak hanya itu di beberapa artikel juga disebutkan bahwa Covid-19 dapat juga menyebar melalui air limbah dan juga kasus primata yang terjangkit Covid-19. Melihat bahwa Virus Covid-19 dinyatakan Covid-19 sebagai pandemi dan penyebaran dapat terjadi melalui berbagai hal maka perlu untuk mengetahui dan memahami lebih dalam terkait Covid-19 dalam pandangan Mikrobiologi serta mengetahui secara lebih dalam melalui mikrobiologi terkait penyebaran dan proses terjangkit Covid-19 dalam pandangan Mikrobiologi.

 

II. KAJIAN TEORI

Makhluk hidup yang berukuran kecil sering disebut sebagai mikroba atau mikroorganisme. Makhluk berukuran kecil disebut sebagai mikroba dikarenakan ukuran tubuh yang kecil, tidak kasat mata, dan sistem pengaturan hidupnya masih sangat sederhana.. Mata biasa tidak bisa melihat jasad yang ukurannya kurang dari 0,1 m. Defenisi mikroba adalah ilmu yang mempelajari tentang organisme mikroskopis. Mikrobiologi berasal dari bahasa yunani, micros (kecil) bios (hidup), logos (ilmu). Ilmuan menyimpulkan bahwa mikroorganisme sudah dikenal lebih kurang 4 juta tahun yang lalu dari senyawa organik kompleks yang terdapat dilaut, atau dari gumpalan awan yang sangat besar yang mengelilingi bumi. Sebagai makhluk hidup pertama di bumi mikroorganisme diduga merupakan nenek moyang dari semua makhluk hidup.Corona Virus Diseases 2019 (Covid19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-coV-2). Dalam buku Mikrobiologi karangan Drs. Mades Fifendy, M.Biomed. Whittaker membagi jasad hidup menjadi tiga tingkat perkembangan, yaitu:

1. Jasad prokariotik yaitu bakteri dan ganggang biru (Divisio monera)

2. Jasad eukariotik, uniseluler yaitu alga sel tunggal, khamir dan protozoa (Divisio protista)

3. Jasad Eukariotik multiseluler dan multinukleat yaitu divisio fungi (Divisio plantae, divisio animalia)

Sedangkan Woese menggolongkan jasad hidup terutama berdasarkan susunan kimia makromolekul yang terdapat di dalam sel. Pembagiannya yaitu Arhaebacteria, Eukaryota (Protozoa, fungi, tumbuhan dan binatang), Eubacteria.

Mikroba di alam secara umum berperan sebagai produsen, konsumen, maupun redusen. Mikroba yang berperan sebagai produsen adalah alga. Selain itu ada mikroba yang bersifat nonseluler yaitu virus. Virus merupakan jasad yang hidup bersifat parasit obligat, berukuran super kecil atau sub mikroskopis. Virus hanya bisa dilihat melalui mikroskop elektron. Struktur virus terdiri atas bahan genetik. Virus tidak berbentuk sel dan tidak dapat membentuk energi sendiri serta tidak dapat berkembangbiak tanpa adanya sel inang.

Asal mula perkembangan mikrobiologi pada pertengahan abad ke19 oleh beberapa ilmuan. Di mana mikroorganisme berasal dari organisme sebelumnya bukan dari benda mati. Salah satu jenis dari mikroba adalah virus. Dalam buku mikrobiologi karangan Drs Mades Fifendy,M.Biomed. "Virus pertama kali ditemukan oleh Iwanowsky dimana filtrat bebas bakteri (cairan yang disaring melalui saringan bakteri) dari ekstrak tanaman tembakau yang terkena penyakit mozaik ternyata masih dapat menyebabkan penyakit infeksi pada tanaman tembakau yang sehat, dari kenyataan ini kemudian diketahui adanya jasad hidup yang mempunyai ukuran jauh lebih kecil dari bakteri (submikroskopik) karena dapat melalui saringan bakteri, yaitu dikenal sebagai virus". Untuk mengetahui penyakit yang disebabkan virus dapat digunakan Postulat River (1937), Yaitu:

1. Virus harus berada di sel inang

2. Sel inang yang terinfeksi bukan dikarenakan bakteri atau mikroba lainnya namun murni disebabkan virus

3. dapat menimbulkan penyakit pada jasad yang peka

4. Filtrat yang sama berasal dari hospes peka tersebut harus dapat menimbulkan       kembali penyakit yang sama.[2]

Macam-macam virus bervariasi salah satunya adalah Virus corona. Virus corona berupa SARS-COV-2 atau yang dikenal dengan Covid-19. Covid-19 merupakan family dari Corona virus, biasanya menyerang binatang dengan gejala klinis sesak nafas dan diare. Sebelum menginfeksi manusia SARS-COV-2 mengalami dua kali mutasi, pertama yaitu ketika virus tersebut berpindah dari hewan ke manusia (dikenal dengan pasien Zero, Wuhan). lalu kemudian mengalami mutasi lagi ketika menginfeksi sesama manusia.

Mutasi pada virus merupakan hal yang normal. Virus termasuk makhluk prehistoric, dimana mereka adalah salah satu makhluk awal yang terbentuk saat kehidupan mulai ada. Virus berevolusi agar bisa beradaptasi dengan lingkungannya. SARS-COV-2 yang sering kita sebut sebagai corona virus sama seperti virus lainnya. SARS-COV-2 seperti semua virus pada umumnya, bermutasi dan mengalami perubahan genetik.

Meskipun istilah mutasi menyebabkan hal yang mengerikan, namun realitasnya pada virus mutasi adalah bagian alami dari siklus hidupnya. Apalagi virus dengan genetik RNA,Seperti SARS-COV-2 yang akan bermutasi terus menerus.[3]

Virus SARS-COV-2 atau Covid-19 telah menginfeksi lebih dari 100 negara bisa dikatakan hampir seluruh negara terinfeksi. WHO telah menyatakan bahwa Covid-19 sebagai pandemi, Artinya Virus ini sudah menyebar ke seluruh dunia. Coronavirus merupakan penyakit yang menginfeksi saluran pernapasan ringan, sedang, hingga berat, seperti penyakit flu siapapun bisa terjangkit. Akan tetapi bayi, anak-anak dan orang tua lanjut usia lebih rentan terkena[4]

 

III. METODE PENELITIAN

Artikel ini berdasarkan studi literatur melalui penelusuran pustaka digital dan pustaka berbentuk buku. Tehnik pengumpulan data yang dipakai melalui studi kepustakaan , pengumpulan data-data sekunder dari beberapa sumber jurnal.

IV. PEMBAHASAN

SARS-COV-2 adalah penyakit baru yang menginfeksi manusia. Penyakit karena infeksi ini disebut Covid-19. virus corona bisa menyebabkan gangguan ringan pada sisitem pernapasan, infeksi paru-paru, hinga kematian. Corona virus merupakan virus yang memiliki RNA Positive sebagai genomnya, biasa di sebut virus RNA. Mutasi virus terjadi saat replikasi, virus RNA dapat bermutasi sekitar juta kali lebih cepat dari virus DNA yang memiliki kecepatan mutasi 10-11 nukleotida setiap kali proses replikasi. Panjang genom corona virus sekitar 27-32 kilobasa. Dikutip dari Berita IPTEK Genom ini membentuk protein-protein pembentuk tubuh virus seperti fosfoprotein N. glikoprotein N, protein E, dan glikoprotein HE[5].

Corona virus termasuk kedalam famili Coronaviridae, ordo Niodovirales. Corona virus memiliki ukuran dengan diameter 65-125 nm dan mengandung rantai tunggal RNA sebagai materi intinya (nucleus), panjangnya sekitar 26-32 (Gambar 1) (Shreen, M.A et al. 2020). sub famili corona virus adalah alpa, gamma, dan delta corona virus.[6]

Nama Virus corona virus disebut dengan Severe Acute Respiatory Syndrome Coronavirus (SARS-COV-2), sementara penyakit yang muncul disebut Covid-19. Nama SARS-COV-2 dipilih karena virus tersebut secara genetik memiliki keterkaitan dengan virus yang menyebabkan wabah SARS tahun 2003. Dalam hal ini WHO tidak memakai istilah SARS kepada publik, melainkan virus Covid-19, hal ini agar tidak terjadi ambigiuitas di tengah masyarakat. Berdasarkan data WHO, organ pernapasan menjadi sasaran utama infeksi virus corona. Sebanyak 87,9% pasien mengalami gejala demam, batuk kering 66,7%, dan kelelahan 28,1%. Penyakit umum setelah infeksi adalah pneumonia. Tidak semua pasien mengalami pneumonia sekitar 81% mengalami gejala ringan infeksi virus corona, sekitar 14% mengalami gejala sedang seperti sulit bernapas, kekurangan oksigen, serta penurunan fungsi paru-paru.

    SARS-COV-2 merupakan virus jenis baru yang menyerang manusia. Penamaan virus corona berasal dari bahasa latin yaitu" corona" yang berarti mahkota, bentuk virus corona menyerupai mahkota dan corona matahari. Para ilmuan pertama kali mengisolasi virus corona pada tahun 1965 dua orang peneliti Thyleer f dan Bynoe menemukan bukti virus vorona pada manusia yang sedang flu biasa, melalui kultur organ trakea embrionik yang di peroleh dari saluran pernapasan orang flu tersebut. Pada tahun 1960-an Thyleer memimpin sekelompok ahli virologi yang meneliti strain virus pada manusia dan hewan. Di antaranya termasuk infeksi bronkitis, virus hepatitis tikus dan virus gastroenteriri pada babi yang dapat dituarkan. Dan semua virus tersebut memiliki morfologi yang sama ketika di amati melalui mikroskop[7]

    Pada awalnya kelompok peneliti menjelaskan bahwa penyebab utama virus corona adalah berasal dari ular, namun setelah mengalami pengamatan genetik tenyata genetik yang ditemukan mirip dengan SARS yang disebabkan oleh Kelelawar (Tabel 1) (Lu R. et al. 2020, Chan Jf-W et. 2020). Berikut analisi perbandingan antara SARS-COV dengan SARS-COV-2

Sufat	SARS-COV	SARS-COV-2	Referensi
Tanggal kemunculan	November 2002	Desember 2019	Hui Ds et al. 2020, Huang Y. 2004, Huang C,2020.
Wilayah kemunculan	Guangdong, China	Wuhan, Cina	Shren MA. Et.al 2020
Tanggal pengendalian sepenuhnya	Juli 2003	Belum terkendali	Shren MA. Et al 2020
Penyebab utama	Kelelawar, musang, dan anjing	Kelelawar	Lu R et al. 2020. Pelman S. 2020
Jumlah negara terinfeksi	26 negara	Hampir seluruh dunia	Bolles M. et al.2011 Vera V.2020
Masuk melalui reseptor pada manusia	ACE2 Reseptor	ACE2 Reseptor	Lu R et al. 2020 Tian X et al 2020 Shy Y at al. 2020
Penyebab yang digunakan	SARS, ARDS	SARS, COVID-19	Shi Yet al 2020 Dong N.et al 2020
Tanda gejala	Demam, tidak enak badan, myalgia, sakit kepala, batuk, diare, bergetar, batuk, radang tenggorokan	Batuk, demam, radang tenggorokan.	Rio J dan Althaus CL.2020. Chan JF et al. 2020, Shy Y et al. 2020

 

    Jika di kaji lebih spesifik dalam mikrobiologi mekanisme masuknya virus corona pada manusia bisa dilihat pada gambar berikut. Siklus hidup SARS-C0V2 Di dalam sel inang. Siklus hidup dimulai ketika protein S mengikat reseptor sel CE2. setelah terikat pada reseptor kemudian mengkonfirmasi perubahan protein S yang di fasilitasi ileh amplop (permukaan virus) untuk berdifusi dengan membran sel melalui endosomal pathway. Kemudian SARS-COV-2  melepaskan RNA di dalam sel inang. Genom RNA di translasi di dalam replikasi polymerprotein pp 1a dan 1ab, dimana gen ini memproduksi enzim proteinase. Enzim polymerasi ini menghasilkan subgenimic mRNAs melalui trnaskripsi dan terakhir translasi menjadi molekul prtein. Protein dan genom RNA terkumpul di didalam Retukulum endoplasma dan badan golgi kemudian transportasikan melalui vesikel dan dilepaskan keluar sel. ACE 2 (Angiostensi converting enzyme 2), ER (Endoplasmic Reticulum), ERGIC (ER-Golgi imtermediate compartement).

Semua virus corona mengandung gen spesifik yaitu ORFI yang mengkode protein untuk proses replikasi pada pembentukan nucleocapsid. Glycoprotein yang mirip duri pada permukaan luar corona virus ini yang menginfeksi ke dalam sel manusia. Sel manusia dikendalikan oleh virus ini kemudian memperbanyak diri bersamaan dengan pembelahan sel. Mekanisme masuknya virus corona pada sel manusia dapat dikenali sebagai aminopeptida atau karbohidrat termasuk beberapa enzim seperti protease, tripsin, transmembran protease serine2 (TMPRSS2).

Namun beberapa terakhir ini penyebaran Covid-19 tidak hanya melalui manusia ke manusia tetapi dapat terinfeksi juga melalui air limbah dimana peringatan ini di sampaikan oleh para peneliti biologi dan lingkungan terkait bahaya poteinsi baru. Meskipun fokus utama saat ini penularan melalui manusia ke manusia tetapi, para ahli dari university of strilling kini sedang meneliti bagaimana virus corona dapat menyebar melalui limbah (Vimcet Marecall. Ahli virologi). Belum dapat dipastikan  apakah virus ini dapat menyebar melalui rute faecal-oral namun kita ketahui bahwa pelepasan virus dari sistem pencernaan bertahan lebih lama dari pada pelepasan melalui sistem pencernaan.

Namun, berdasarkan kajian literatur terkait virus corona dalam pandangan mikrobiologi dapat diketahui bahwa virus corona dapat melalukan mutasi untuk memperbanyak diri dan membentuk jenis baru. Jika dilihat dari hasil kajian mikrobiologi bahwa SARS-C0V2 atau Covid-19 merupakan corona virus yang hanya dapat menginfeksi manusia dan penularannya kontak langsung antara manusia dengan manusia. Virus ini juga bisa menjangkit primata hal ini mungkin saja terjadi sebab diketahui bahwa antara sel manusia dan hewan memiliki struktur yang sama. Namun, perlu di pahami virus corona atau Covid-19 tidak dapat menular antara hewan ke manusia. Sebab virus ini merupakan mutasi dari corona virus yang menginfeksi hewan kemudian membentuk jenis baru yang menginfeksi manusia.

 

V. KESIMPULAN

Mikrobiologi merupakan cabang ilmu biologi yang mengkaji tentang mikroba salah satunya adalah Virus. Virus memiliki berbagai jenis disebabkan kemampuannya bermutasi dan bereplikasi. Salah satu contohnya adalah SARS-COV-2 atau Covid-19 merupakan jenis virus yang bermutasi dari famili coronavirus yang dapat menginfeksi saluran pernapasan. Virus ini muncul pertama kali di kota Wuhan. Penyebab munculnya Virus ini yaitu berasal dari hewan kelelawar berdasarkan pengamatan yang dilakukan bahwa genetik virus ini sama dengan genetik yang ada pada kelelawar.

    Proses penyebaran virus ini melalui kontak langsung dengan yang terjangkit, virus ini bukanlah virus yang sangat membahayakan yang menyebabkan banyaknya terjangkit dan menjadi pandemi adalah proses penyebaran yang sangat cepat.

DAFTAR PUSTAKA

 

Fifendy, Mades dan M.Biomed. 2017. Mikrobiologi. Depok: Kencana.

Supriyana, Ateng.Ateng Supriyata .DKK. 2020. Evolusi SARS-C0V-2 Dalam Perspektif Wahyu Pemandu Ilmu (WMI).

Jihan kirana. DKK. Analisis Dampak COVID-19 Pada Masyarakat Sumatera Utara. Jurnal Ilmiah Mahasiwa Prodi PGSD. Volume 1, Nomo 1: 1 Juni 2020.

Utama, Andi. Berita IPTEK. staff.LIPI BIOTEKNOLOGI.

Jurnal sosial dan budaya syari impact of corona virus out break toeard taching and learning activite in indonesia. Di akses dari Google cendekia.

Bolles M. Donaldson E. Baric R. 2011. SARS-COV and emergent coronaviruses:Viral determinants of interspecies transmission. Current opin virol: (6).

Huang Y. 2004. The SARS epidemic and its aftermats in China: a political perspective. Learning form SARS: Preparing for the next disease outbreak.

Huang C, Wang Y,Ii X,Ren L,Zhao J, Hu Y. 2020. Clinical fatures of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan China. The lancer.

Hui DS, Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O. 2020. The continuing 2019-nCOV epidemic threat of novel coronavirus to global health-The lates 2019 novel corona virus outbreak in Wuhan, China, International Jounal of Infections Diases. 91:264-6.

Shreen AS, Khan S, Kazmi A, Bahir N, Siddigue R. 2020. COVID-19 infection: Origin,transmission, and characteristic of human coronavirus. Jounal of Advance Research 24.

Pelman S. 2020. Another decade, another coronavirus. Mas medical soc.

Rio J. Althaus CL. 2020. Pattrern of early human-to-human transmission of Wuhan 2019 novelcoronavirus (2019 nCOV). December 2019 to january 2020: Eurosuvellance 25.

Shi Y, Yi Y, Li P, Kuang T, Li L, Dong N. 2003. Diagnosis of severe acute respiratory syndrome (SARS) by detection of SARS coronavirus nucleocapsid antibodies in an antigen capturing enzyme-linked Immunosorbent assay. J Clin microbiol 41.

Vera V. 2020. Coronavirus outbreak: The countries affected. Avaible from http;//www.pharmaceutical-technology,com/features/coronavirus-outbreak-the -countries affected/.

---

[1] Drs. Mades Fifendy, M.Biomed. 2017. Mikrobiologi. Depok: KENCANA. Hal: 1

[2] Drs. Mades Fifendy, M.Biomed. 2017. Mikrobiologi. Depok: Kencana: Hal2-13

[3] Ateng Supriyatna.DKK. 2020. Evolusi SARS-C0V-2 Dalam Perspektif Wahyu Pemandu Ilmu (WMI). Hal 2

[4] Jihan kirana. DKK. Analisis Dampak COVID-19 Pada Masyarakat Sumatera Utara. Hal 65.

[5] Beita IPTEK, Dr. Andi utama, Staff.LIPI BIOTEKNOLOGI.

[6] Ateng supriyatna. 2020. Evolusi SARS-COV-2 Dalam Pespektif Wahyu Memandu ILmu (WMI). Hal: 4

[7] Jurnal sosial dan budaya syari impact of corona virus out break toeard taching and learning activite in indonesia. Di akses dari Google cendekia.

*Penulis merupakan mahasiswi program studi Tadris Biologi yang sedang melaksanakan KKN DR UIN-SU, Kelompok 99

Tri Ayu @triayunst Hello, I am writer of the Pojokata site. My name is Tri Ayu (Instagram @triayunst). I am a writer who has produced 6 books such as scholarship books, poetry, and novels. I am also an SEO Writer who has experience in displaying dozens of articles on the main page of the Google search engine. I love photography, videography, product reviews, beauty & lifestyle, cooking, finance, technology, etc. I am also an Content Creator and Blogger with experience in creating content. You can collaborate with me by contacting my Instagram or email triayunst.id@gmail.com. Come on, build partnership and let's be friends with me!

Berbagi :